Домакинските блокове за обратна осмоза използват много вода, защото имат малък обратен натиск. В резултат на това те възстановяват само 5 до 15% от водата, постъпваща в системата. Остатъкът се изхвърля като отпадъчна вода. Тъй като отпадъчната вода носи с нея отхвърлените замърсители, методите за възстановяване на тази вода не са практични за домакинските системи. Отпадъчните води обикновено са свързани с канализацията на къщата и ще допринесат за натоварването на домакинската септична система. Устройство за обратна осмоза, което доставя 19 литра от обработена вода на ден, може да изхвърли между 75 до 340 литра отпадъчна вода на ден.
Благодарение на фината си мембранна конструкция обратната осмоза не само премахва вредните замърсители, които се намират във водата, но и може да отстрани много от желаните минерали от водата. В редица проучвания са разгледани дългосрочните последици за здравето на питейната деминерализирана вода.
След преминаването на питейната вода през RO и премахването на минерали и соли от нея, се променя и нейното PH. Като промяната му може да достигне до 2 единици надолу.